Het moderamen is het dagelijks bestuur van de NKiD. Het bereidt de besluitvorming in de kerkenraad (KKR) voor en handelt namens de KKR beslissingen af, die geen uitstel tot de komende KKR-vergadering verdragen. Van het moderamen maken Rob Maris (voorzitter kerkenraad), Jeanine Treffers-Daller (scriba) en Ds. Klaas Touwen (predikant-assessor) deel uit.